Años 90

Los primeros años de la década de los 90 fueron especialmente trágicos para Eric Clapton. El 27 de agosto, su compañero Stevie Ray Vaughan, con el que estaba de gira, y dos de sus técnicos de gira murieron en un accidente de helicóptero durante el traslado entre conciertos. Después, el 20 de marzo de 1991, su hijo Conor, que contaba con cuatro años de edad, murió al caer de un piso 53 de un rascacielos de Nueva York en el que se encontraba con su madre. Su aflicción quedó plasmada en la canción "Tears in Heaven", coescrita con Will Jennings. La canción aparece primero en la banda sonora de la película "Rush" y después en su álbum de 1992 Unplugged, en una versión acústica, por el cual recibió seis premios Grammy, entre ellos el de álbum del año y mejor canción de rock del año.
En septiembre de 1994, se edita From The Cradle, que es el primer álbum de blues íntegro grabado por Clapton, en el que se recoge una colección de temas clásicos. Ganó el Grammy al Mejor Álbum de Blues Tradicional en 1995 y vendió más de 3 millones de copias en Estados Unidos, siendo el disco de blues que más ha vendido de la historia. En 1995 sale otro recopilatorio más, llamado "The Cream of Clapton".
En abril de 1996, se publica una nueva caja recopilatoria con el título Crossroads 2: Live In The Seventies, que consiste en actuaciones en directo grabadas entre los años 1974 y 1978, así como 4 temas de estudio inéditos. Clapton también obtuvo un gran éxito ese año con la canción compuesta por Wayne Kirkpatrick, Gordon Kennedy y Tommy Sims, "Change The World", con el que ganó un Grammy a la mejor canción del año en 1997, el mismo año en que grabó Retail Therapy, un álbum de música electrónica con Simon Climie. También participó en un concierto homenaje a Stevie Ray Vaughan y en el concierto "Princes Trust" en Hyde Park, Londres.
En marzo de 1998, Clapton publicó el álbum Pilgrim con material totalmente nuevo, cosa que no ocurría en más de una década.^[32] En esta ocasión también cuenta con la colaboración de Simon Climie, y recibió críticas dispares. En 1999 se edita un doble álbum con material de los años 70 llamado The Blues, y otro llamado Clapton Chronicles: The Best of Eric Clapton con material más reciente. Clapton acabó la década de los noventa con un álbum con B. B. King llamado Riding with the King que ganó un premio Grammy al mejor álbum de blues tradicional en 2001. Durante la grabación de este álbum conoció a su actual esposa Melia McEnery con la que se casó en 2002 y con la que tiene tres hijas: Julie Rose (13 de junio de 2001), Ella May (14 de enero de 2003), y Sophie Belle (1 de febrero de 2005).